Regimnya terkenal dengan "kehilangan" individu, penculikan bayi, dan penyeksaan yang melampau. Walaupun beliau mengaku bahawa peperangan "Dirty War" ini adalah terhadap puak subversif seperti puak radikal Marxist Montoneros dan gerila ERP, beliau juga berkata bahawa subversivos ini termasuklah mereka yang menentang Kristian dan tamadun Barat. Namun ramai yang percaya mangsanya termasuk juga musuh-musuh peribadinya seperti aktivis hak asasi manusia, ahli parti pembangkang dan sesiapa jua yang menentangnya. Sewaktu pemerintahannya dianggarkan antara 10,000-30,000 rakyat Argentina telah hilang, lebih setengah juta dibuang negara dan beribu telah ditahan dan diseksa dibeberapa kem tahanannya.

Badan yang membantu melaksanakan kekejamannya ialah "Argentine Anti-Communist Alliance" yang juga dikenali sebagai skuad pembunuh. Mereka menggunakan pelbagai cara untuk menyeksa tahanan dan corak pembunuhan yang paling popular ialah dengan melemaskan tahanan. Di pangkalan tentera Campo de Mayo misalnya, tahanan akan dibogelkan dan dirantaikan bersama tahanan-tahanan lain. Selepas itu mereka diseret ke dalam kapal terbang tentera yang akan terbang di atas sungai Rio de la Plata atau Lautan Atlantik, dan pihak tentera akan menolak mereka keluar dari kapal terbang ke dalam sungai atau laut supaya mereka mati lemas.